ConfigLoader はユーザー設定を永続化するための共通処理を司るクラスです。
プラグイン開発においては UserConfig 等から間接的に使用されています。

mruby-mix では、永続化処理は実装されておらずオンメモリで値を保持するのみになっています。
実際にユーザー設定を永続化するためには、そのための処理をホスト アプリケーション側で実装する必要があります。

最低限の実装では、起動時に @@config に値をインポートし、 #store が呼び出された後にエクスポートする必要があるでしょう。
便利なバックエンドがある場合は #include?, #at?, #store を再定義してそこに繋げる手もあります。